Những thực phẩm có nguy cơ cao bao gồm:

Thịt và các sản phẩm từ thịt, sữa và các sản phẩm từ sữa, trứng và các sản phẩm chế biến từ trứng; thủy sản tươi sống và đã qua chế biến; các loại kem, nước đá, nước khoáng thiên nhiên; thực phẩm chức năng, thực phẩm tăng cường vi chất dinh dưỡng, thực phẩm bổ sung, phụ gia thực phẩm; thức ăn, đồ uổng chế biến để ăn ngay; thực phẩm đông lạnh; sữa đậu nành và sản phẩm chế biến từ đậu nành; các loại rau, củ, quả tươi sống ăn ngay.

Cá nhân, tổ chức, hộ gia đình sản xuất kinh doanh thực phẩm có nguy cơ cao phải làm một bộ hồ sơ xin cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện vệ sinh an toàn thực phẩm, hồ sơ bao gồm:

- Đơn đề nghị cấp giấy chứng nhận.

- Bản sao công chứng giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh (nếu có).

- Bản thuyết minh về cơ sở vật chất, trang thiết bị, dụng cụ bảo đảm điều kiện vệ sinh an toàn thực phẩm, bao gồm: Bản vẽ sơ đồ mặt bằng cơ sở sản xuất kinh doanh và các khu vực chung quanh; bản mô tả quy trình chế biến (quy trình công nghệ) cho nhóm sản phẩm hoặc mỗi sản phẩm đặc thù.

- Bản cam kết bảo đảm vệ sinh an toàn thực phẩm đối với nguyên liệu thực phẩm và sản phẩm thực phẩm do cơ sở sản xuất kinh doanh.

- Bản sao công chứng "giấy chứng nhận đủ điều kiện sức khỏe" của chủ cơ sở và của người trực tiếp sản xuất kinh doanh thực phẩm.

- Bản sao công chứng giấy chứng nhận đã được tập huấn kiến thức về vệ sinh an toàn thực phẩm của chủ cơ sở và của người trực tiếp sản xuất kinh doanh thực phẩm.

Đối với cơ sở đã áp dụng hệ thống quản lý chất lượng vệ sinh an toàn thực phẩm theo HACCP (phân tích mối nguy và kiểm soát điểm tới hạn), trong hồ sơ phải có bản sao công chứng giấy chứng nhận HACCP.

Hồ sơ của cá nhân, tổ chức, hộ gia đình sản xuất kinh doanh thực phẩm có nguy cơ cao phải được nộp tại cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện vệ sinh an toàn thực phẩm, cụ thể:

- Cục An toàn Vệ sinh thực phẩm cấp giấy chứng nhận cho các cơ sở sản xuất kinh doanh thực phẩm chức năng, thực phẩm tăng cường vi chất dinh dưỡng, thực phẩm bổ sung, phụ gia thực phẩm, nước khoáng thiên nhiên.

Sở Y tế hoặc Trung tâm Y tế dự phòng tỉnh, thành phố trực thuộc T.Ư (nếu được Sở Y tế ủy quyền) cấp giấy chứng nhận cho các cơ sở sản xuất kinh doanh thực phẩm do T.Ư và tỉnh cấp giấy phép kinh doanh; hoặc các nhà hàng, bếp ăn tập thể có quy mô từ 200 người ăn trở lên; các dịch vụ ăn uống trong khu công nghiệp, siêu thị, chợ, bệnh viện; các khu du lịch, lễ hội, hội nghị do tỉnh tổ chức quản lý; các khách sạn một sao trở lên và trong các trường học từ phổ thông trung học trở lên.

- UBND cấp huyện hoặc Trung tâm Y tế dự phòng huyện được UBND cấp huyện ủy quyền cấp giấy chứng nhận cho các cơ sở sản xuất kinh doanh thực phẩm do huyện cấp giấy phép kinh doanh; các cửa hàng ăn, các căng-tin, nhà hàng ăn uống, bếp ăn tập thể, khách sạn không thuộc tỉnh cấp giấy chứng nhận; trường PTCS; các lễ hội, hội nghị, các khu du lịch, chợ và bệnh viện do cấp huyện tổ chức và quản lý.

- UBND cấp xã nếu được UBND huyện ủy quyền cấp giấy chứng nhận cho các cơ sở sản xuất kinh doanh thực phẩm nguy cơ cao, không thuộc diện phải đăng ký kinh doanh; các hộ gia đình, cá nhân sản xuất thực phẩm bao gói đơn giản, kinh doanh hàng tươi sống, không bao gói; các quán ăn, các quầy bán thực phẩm chế biến sẵn để ăn ngay trong ngày và các chợ, khu du lịch, các lễ hội, hội nghị do xã tổ chức và quản lý; các trường tiểu học, mầm non không thuộc diện quản lý của cấp trên.